Les pathogènes sont des micro-organismes responsables de maladies chez leurs hôtes. Si les plantes ont généralement plus à craindre des champignons pathogènes du sol que des maladies bactériennes telluriques, plusieurs espèces de bactéries vivant dans le sol provoquent néanmoins des maladies végétales. Les espèces de pathogènes du sol étant trop nombreuses pour toutes les énumérer, voici quelques-unes des plus importantes ou des plus répandues. À noter que certaines bactéries présentes dans le sol peuvent également s'avérer dangereuses, voire mortelles, pour l'homme.
Clostridium botulinum
Clostridium botulinum est une bactérie à Gram positif (c'est-à-dire une bactérie qui se colore lors du test de coloration de Gram) capable de former des spores très résistantes et durables. Lorsque les conditions lui deviennent favorables, ces spores germent et la bactérie se met à croître. Elle peut alors produire une protéine létale appelée toxine botulique, qui agit sur le système nerveux de l'homme et d'autres mammifères en bloquant la libération d'un neurotransmetteur essentiel, l'acétylcholine.
Les spores de C. botulinum se rencontrent dans le sol et l'eau de nombreuses régions du monde. Cette bactérie est anaérobie stricte : elle ne se développe qu'en l'absence d'oxygène, et les conditions acides inhibent sa croissance. Bien qu'elle soit parfois responsable de cas mortels de botulisme, une maladie d'origine alimentaire, la puissante toxine qu'elle produit s'est aussi révélée précieuse en médecine et en cosmétique pour paralyser temporairement le tissu musculaire. Utilisée à des fins thérapeutiques, la toxine botulique est connue sous le nom commercial de Botox.
Erwinia carotovora
Erwinia carotovora est un pathogène hautement destructeur qui s'attaque à un large éventail de plantes, notamment la pomme de terre et la plupart des légumes charnus. Cette bactérie à Gram négatif, en forme de bâtonnet, peut envahir les cultures aussi bien au champ que durant le stockage.
La sous-espèce E. carotovora subsp. carotovora survit bien dans le sol et les eaux de surface ; elle est capable de se développer dans la zone racinaire de nombreuses autres espèces non hôtes, cultivées ou adventices, avant d'envahir les pommes de terre ou d'autres cultures vulnérables dès que l'occasion se présente. Parmi les maladies courantes de la pomme de terre qu'elle provoque figurent la jambe noire, la pourriture aérienne de la tige et la pourriture molle des tubercules.
Streptomyces scabies
Streptomyces scabies est une bactérie à Gram positif qui, avec deux autres espèces du même genre (S. acidiscabies et S. turgidiscabies), peut infecter la pomme de terre ainsi que d'autres cultures racines comme la betterave, le radis, le navet, la carotte et le panais.
Elle présente une particularité remarquable : au cours de sa croissance, ses cellules forment des filaments analogues à ceux produits par les champignons, quoique bien plus petits. Ces filaments peuvent ensuite se fragmenter pour donner naissance à des spores. La bactérie se propage en envahissant les tissus jeunes et tendres, et en pénétrant les tissus plus âgés par les blessures ou les ouvertures naturelles de la plante.
Xanthomonas
Xanthomonas est un genre qui regroupe de nombreux pathogènes végétaux d'importance majeure. Bien qu'ils ne persistent pas très longtemps dans le sol, certaines espèces parviennent à y survivre pendant l'hiver et à infecter une nouvelle culture au printemps. Comme toutes les protéobactéries, elles sont à Gram négatif.
L'espèce X. campestris, responsable de la nécrose noire sur une grande variété de plantes, constitue sans doute le membre le plus important du genre. Ironie du sort, cette même bactérie est cultivée à l'échelle commerciale pour produire la gomme xanthane, un additif alimentaire très répandu.
Comment limiter ces risques ?
Face à ces pathogènes telluriques, quelques bonnes pratiques agronomiques permettent de réduire considérablement les risques : pratiquer une rotation des cultures sur plusieurs années, utiliser des semences certifiées saines, éviter les blessures mécaniques des tubercules et racines lors de la récolte et du stockage, assurer un bon drainage du sol et éliminer soigneusement les débris végétaux infectés. Une gestion rigoureuse de ces facteurs reste la meilleure défense contre les maladies bactériennes du sol.
Source : https://jardin.98905.com/garden-lawn/soil/1007049830.html