Le sol est un écosystème vivant regorgeant d'une multitude d'habitants invisibles. Selon l'Université d'État du Colorado, une simple tasse de sol naturel abrite des milliards de micro-organismes, notamment des bactéries et des champignons. Ces créatures invisibles exercent une influence considérable sur la croissance des plantes : elles peuvent être bénéfiques, neutres ou nuisibles. L'identification des bactéries, des champignons filamenteux et des levures présents dans le sol repose sur l'étude de la forme et de la fonction de ces organismes.
Fonction microbiologique
Des relations symbiotiques, antagonistes ou inoffensives existent entre les plantes et les microbes du sol. La zone entourant les racines des plantes, appelée rhizosphère, constitue une zone de très forte activité microbienne. Les racines libèrent des nutriments dans le sol qui nourrissent les bactéries et les champignons. En retour, les bactéries rhizobiennes forment des nodules sur les racines des légumineuses, rendant l'azote assimilable par les plantes. Les champignons mycorhiziens, quant à eux, colonisent les racines afin de faciliter le transfert des nutriments du sol vers la plante. L'analyse de ces fonctions permet d'identifier aussi bien les microbes bénéfiques que les microbes pathogènes responsables des maladies des plantes.
Les bactéries
Les bactéries sont des organismes microscopiques unicellulaires dont la forme peut être en bâtonnet, sphérique ou spiralée. D'après le Département de l'Agriculture des États-Unis, un acre de sol peut contenir jusqu'à une tonne de bactéries. L'identification des bactéries se répartit en quatre grandes catégories : les décomposeurs, les mutualistes, les agents pathogènes et les lithotrophes (ou chimoautotrophes). Les décomposeurs dégradent la matière végétale ainsi que les pesticides présents dans le sol. Les mutualistes forment des nodules racinaires bénéfiques capables de fixer l'azote atmosphérique. Les agents pathogènes sont des bactéries responsables de maladies, comme le feu bactérien qui touche les pommiers et les poiriers. L'Université d'État de l'Utah classe d'ailleurs le feu bactérien parmi les dix principales maladies affectant les plantes ornementales ligneuses. Enfin, les bactéries lithotrophes contribuent à la dégradation des polluants chimiques présents dans le sol.
Les champignons filamenteux
Les champignons se divisent en deux grands groupes : les champignons filamenteux multicellulaires, composés d'hyphes, et les levures unicellulaires. Le comportement singulier et l'organisation cellulaire distinctive des champignons filamenteux posent des défis particuliers lorsqu'il s'agit de décrire leur forme et leur fonction, soulignent les microbiologistes de l'Université d'État du Colorado. Le cytoplasme contenu dans leurs filaments tubulaires peut se déplacer en réponse aux conditions environnementales, aux champs électriques, aux surfaces et à la gravité. Cette organisation cellulaire inhabituelle distingue les champignons filamenteux de tous les autres organismes du sol et leur permet de former des réseaux d'hyphes majoritairement bénéfiques pour la plupart des plantes.
Les levures
Les mycologues de l'Université A.T. Still ont recours à des tests de laboratoire pour identifier les levures. Des analyses biochimiques et des tests de comportement de croissance en bouillon, dans le sérum et sur gélose à la farine de maïs permettent d'isoler des souches spécifiques de levures. En 1988, des oignons Walla Walla cultivés au champ ont présenté une pourriture du bulbe. Les analyses de laboratoire ont alors permis d'isoler Kluyveromyces marxianus var. marxianus, la première levure pathogène signalée par l'Université d'État de Washington. Cette découverte s'est avérée déterminante pour aider les producteurs d'oignons de l'État de Washington à distinguer cette infection fongique causée par une levure d'une infection similaire provoquée par des bactéries.
Source : https://jardin.98905.com/garden-lawn/soil/1007049226.html